जापान विश्वमै सबैभन्दा धेरै भूकम्प अनुभव गर्ने देशहरूमध्ये एक हो। यहाँ प्रायः दैनिक रूपमा साना–ठूला भूकम्प महसुस हुने गर्छन्। यसको प्रमुख कारण जापानको भूगर्भीय संरचना र टेक्टोनिक प्लेटहरूको गतिविधि हो। पृथ्वीको बाहिरी सतह धेरै ठूलो–ठूलो प्लेटहरूमा विभाजित हुन्छन्, र यी प्लेटहरू एक–अर्कासँग टकराउने, छुट्टिने वा घस्रिने कारणले भूकम्प उत्पन्न हुन्छ। जापान यिनै प्लेटहरूको अत्यन्त सक्रिय भेटघाट–बिन्दुमा अवस्थित छ।

जापानका चार प्रमुख टेक्टोनिक प्लेटहरू—प्यासिफिक प्लेट, फिलिपिन सागर प्लेट, युरेशियन प्लेट र उत्तर अमेरिकन प्लेट—यहाँका भूकम्पहरूको मुख्य स्रोत हुन्। विशेषगरी, प्यासिफिक प्लेट पश्चिमतिर सर्दै युरेशियन तथा फिलिपिन सागर प्लेटको तल घुस्दै जाने प्रक्रियालाई सबसडक्शन भनिन्छ। यही सबसडक्शन क्षेत्र जापानको भूकम्पीय गतिविधिको केन्द्र हो। प्लेटहरू एक–अर्कामा फस्ने र अचानक छुट्ने क्रममा विशालत ऊर्जा निस्कन्छ, जसले जमिनलाई कम्पन गराएर भूकम्प उत्पन्न गर्छ।

जापानी द्वीपसमूहको पूर्वी भागमा प्यासिफिक प्लेटले ठूलो मात्रामा दबाब सिर्जना गर्ने हुँदा यहाँ प्रायः शक्तिशाली समुद्री भूकम्पहरू आइरहन्छन्। यस्ता भूकम्प समुद्रमा गहिराइमा हुने भएकाले प्रायः सुनामी पनि निम्त्याउने गर्छन्। २०११ सालको तोहोकू भूकम्प र त्यसपछिको सुनामी यही प्रक्रियाको उदाहरण हो। यस्तो प्रकारका समुद्री भूकम्पले क्षति व्यापक बनाउँछ, जसका कारण जापानले उन्नत भूकम्प पूर्वचेतावनी प्रणाली र कठोर निर्माण मापदण्ड निर्माण गरेको छ।

फिलिपिन सागर प्लेटको गतिविधिले पनि जापानको दक्षिण–पश्चिम भागलाई बारम्बार प्रभावित पार्दछ। यो प्लेटको उत्तरतिरको सर्ने प्रक्रियाले क्युशु, शिकोकु र होन्शुका केही क्षेत्रमा मध्यमदेखि ठूला भूकम्प हुँदै आएका छन्। युरेशियन र उत्तर अमेरिकन प्लेटको सीमाक्षेत्र होक्काइडो क्षेत्रमा पनि भूकम्पीय गतिविधि तीव्र देखिन्छ। नेपालका हिमालहरू जस्तै, जापानका पर्वतहरू पनि लाखौँ वर्षदेखि चलिरहेका प्लेटहरूको दबाबबाट नै बनेका हुन्, र यो भूगर्भीय सक्रियताले अझै पनि जापानलाई सताइरहेछ।

जापानमा भूकम्प धेरै हुने अर्को महत्वपूर्ण कारण भनेको फोल्ट लाइनहरूको उच्च संख्या हो। भूमिगत चिरा वा फोल्टहरू यस्ता क्षेत्र हुन् जहाँ प्लेटहरू वा भूभागहरू निरन्तर तनाबमा रहन्छन्। जापानमा यी सक्रिय फोल्टहरू हजारौँमा छन्, जसले साना–ठूला भूकम्पको शृङ्खला बढाउँछन्। फोल्टहरू सक्रिय रहेसम्म भूकम्प हुने सम्भावना पनि उत्तिकै प्रबल रहन्छ।

संक्षेपमा भन्नुपर्दा, जापानमा भूकम्प जानु कुनै संयोग होइन। यसको भूगर्भीय अवस्था, टेक्टोनिक प्लेटहरूको लगातार चलायमानता, सबसडक्शन क्षेत्रहरूको सक्रियता र असंख्य फोल्ट लाइनहरूको उपस्थिति नै भूकम्पका प्रमुख कारण हुन्। यिनै कारणहरूले जापानलाई भूकम्प–जोखिमका दृष्टिले उच्च जोखिमयुक्त बनाएको छ। यद्यपि, उन्नत प्रविधि, कडा निर्माण प्रणाली र जनचेतनाले जापानले भूकम्पजन्य क्षतिलाई धेरै हदसम्म कम गर्न सफल भएको छ।